이거때문에 하루를 찾았다. 답은 여기 있었다.
맥에서는 따로 설정을 하지 않아도 잘 돌아갔지만 윈도우에서는 아니었다. 아래 링크에 better-sqlite3를 설치하라고 되어있는데 쓰지 않아도 되고 windows buildtool 중에 2015 v140 체크를 하니 해결되었다.
https://github.com/JoshuaWise/better-sqlite3/issues/126#issuecomment-403943522
그리고 윈도우 32비트에서는 안돌아가는 문제가 있었는데 node 자체를 32bit으로 실행해야 한다.
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